Pages

Sunday, December 03, 2017

De Nationaal Plan Open Science Estafette: mijn eerste Open Science stappen

Note: For my English-only followers, I will translate this to English later.

openscience.nl
Eerder dit jaar werd er in Delft een meeting voor Nederlandse onderzoekers georganiseerd om te horen over en feedback te geven op het Nationaal Plan Open Science (doi:10.2777/061652). Ik prijs me rijk dat ik hieraan heb kunnen en mogen meedenken, want meer toegankelijkheid tot wetenschappelijke kennis ligt me aan het hart. Tijdens de lunch konden mensen hun Open Science laten zien. Hieruit vloeide het idee voort om een estafette op te zetten om zo veel mogelijk te laten zien hoe veel Open Science er eigenlijk al in Nederland gedaan wordt. Hierbij de start: elke volgende estafetteloper vertelt iets over hun Open Science onderzoek. En of de focus nu op Open Data, Open Access, of op Open Source is maakt niet zo veel uit. Want de diversiteit in het Nederlandse Open Science-gemeenschap is nu eenmaal groot.

Mijn Open Science-verhaal gaat terug naar de tijd dat ik student scheikunde was aan wat nu de Radboud Universiteit heet. Wij kregen daar in 1994 toegang tot het internet, en dit opende voor mij een wereld van Open kennis! Onze bibliotheek was goed gevuld, maar soms moest ik naar afdelingen om daar bepaalde tijdschriften in te kunnen kijken. Altijd ongemakkelijk om een koffiekamer met senior onderzoekers binnen te lopen als student.

Ik leerde HTML en later Java. Java, met hun applets, brachten het internet tot leven. Het kon 3D modellen van chemische structuren laten zien. Dat kan een tijdschrift niet. Twintig jaar later kunnen tijdschriften dat nog steeds niet, maar dat terzijde. In de drie, vier jaren daarna leerde ik drie projecten kennen, elk Open Source: Jmol (nu JSmol), JChemPaint, en het bestandsformaat "Chemical Markup Language" (CML). De eerste was om 3D structuren te laten zien op het internet en het tweede visualiseerde twee-dimensionale (2D) chemische structuren. CML was een formaat waarin ik zowel 2D- en 3D-coördinaten kon opslaan. Maar het ding was dat Jmol en JChemPaint helemaal geen CML konden lezen.

Maar daar kwam Open Science om de hoek kijken. Immers, ik kon van Jmol en JChemPaint de broncode downloaden, aanpassen, en delen met anderen. Ik was overtuigd! En ging aan de slag. Natuurlijk had ik mijn aanpassingen gewoon zelf kunnen gebruiken, maar omdat ik dacht dat het voor andere misschien ook wel bruikbaar zou kunnen zijn, stuurde ik mijn aanpassingen ("patches") naar de auteurs van Jmol en JChemPaint. Dolgelukkig en trots was ik toen de wetenschappers in Duitsland en de Verenigde Staten het in hun versie opnamen!

En het heeft me allemaal geen windeieren gelegd. In mijn laatste jaar van mijn studie heb ik een abstract naar een internationale conferentie ingestuurd. Die werd geaccepteerd en dus moest ik naar de Washington (Georgetown, om precies te zijn), om wat over mijn werk te vertellen. Maar bovendien had ik met de auteurs van Jmol en JChemPaint afgesproken in South Bend, waar we de basis gelegd hebben voor een nieuw Open Science project, de Chemistry Development Kit (CDK). Duur, maar gelukkig kreeg ik een beurs van een Nederlands bedrijf. Een wonderlijke reis was het. In de slaaptrein avondeten met een soldaat die tijdens D-Day in actie is geweest, in New York van de stoep stappen omdat er zware jongens aankomen (die een bekende boys band blijken te zijn), en in het WTC staan (een jaar voor 9/11) en horen hoe toeristen bij de musicalticketverkoop vragen "What is broadway?".

Ik ben trots dat ik aan deze Open Science projecten heb kunnen bijdragen en dat ik medeontwerper ben van de CDK. Door hun Open karakter hebben deze projecten in flinke impact gehad, en na twintig jaar, nog steeds hebben. Natuurlijk, het is niet de functie van een eiwit en metaboliet, maar deze projecten hebben zeker niet alleen mijn onderzoek geholpen. Met dank aan anderen, natuurlijk: Hens Borkent, Dick Wife, Dan Gezelter, Christoph Steinbeck, en Peter Murray-Rust.

Trouwens, over estafettes gesproken, Open Science is op zichzelf ook een estafette: je neemt het stokje over van de mensen voor je, geeft er je eigen draai aan, en geeft daarna het stokje weer door aan de volgende. En het stokje wordt elke dag mooier!

Deze Nationaal Plan Open Science Estafette gaat ook verder. Ik mag mijn stokje doorgeven aan Rosanne Hertzberger. Ik ben superbenieuwd naar haar Open Science verhaal! En natuurlijk van alle lopers die daarna aan de estafette deelnemen!